Los Agustinos Recoletos se establecieron en Marcilla en el siglo XIX. La parte antigua del actual Centro Filosófico-Teológico había sido monasterio cisterciense, anexionado a la abadía de la Oliva. El ala derecha del presente edificio es obra del siglo XVIII. En 1835, a causa de la exclaustración y desamortización de Mendizábal, los monjes bernardos deben abandonar el monasterio, pasando su propiedad a la familia de José Francisco Elorz. El 17 de septiembre de 1865 se instala la nueva comunidad de Agustinos Recoletos.

El 13 de octubre de 1982 el Centro quedó afiliado a la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra.